Lipsa de resurse financiare cu care se confrunta majoritatatea unitatilor de cercetare-dezvoltare a condus la neachitarea de catre aceste unitati, la termenele scadente, a obligatiilor datorate la bugetul de stat, bugetul asigurarilor sociale, la fondurile speciale si la bugetele locale. In plus, sumele datorate au generat acumulari serioase de majorari si chiar de penalitati de intirziere. Si asta din cauza ca, an de an, desi prin lege ar fi trebuit alocat 0,8% din Produsul Intern Brut (PIB) pentru activitatea de cercetare, guvernul a gasit de fiecare data cite o "portita " pentru a reduce procentajul la doar 0,3-0,4% din PIB. Efectele cresterii gradului de indatorare a acestor unitati sint deosebit de ingrijoratoare. Pentru unele planeaza pericolul executarii silite, ceea ce ar duce la decapitalizarea lor si - implicit - la blocarea unor activitati de importanta nationala. Totodata, activitatea de cercetare-dezvoltare ar fi frinata, afectind motivatia si comportamentul personalului. Un alt efect negativ este reducerea veniturilor salariale sau "inghetare " lor, la niveluri care fac neatractiva activitatea de cercetare, avind drept consecinta exodul de inteligenta romaneasca peste hotare sau orientarea cercetatorilor spre alte domenii mai bine platite. Acest fenomen - combinat cu dificultatea de a atrage si mentine tinerii specialisti in sectorul de cercetare - reduce numarul cercetatorilor, dar si ridica media de virsta a personalului, afectind si nivelul activitatii. La aceste probleme se aduga infrastructura depasita fizic si moral fata de cerintele standardelor actuale, decalajul dotarilor fata de cerintele standardelor actuale fiind de cinci pina la zece ani.